Het CIO heeft ten doel (Artikel II uit de regelen van het CIO):

• De gemeenschappelijke bespreking, behandeling of afdoening door de participerende Kerken van op het terrein van Kerk en Overheid gelegen zaken, die daartoe hetzij door een of meer Kerken worden ingebracht; hetzij door het Contact eigener beweging ter hand worden genomen; hetzij door de Overheid bij het Contact aanhangig worden gemaakt en daar ter gemeenschappelijke behandeling worden aanvaard.
• De gemeenschappelijke verzorging – door middel van commissies van het Contact – van daartoe aangewezen taken of belangen, waarbij er met name commissies zijn:
  • voor de geestelijke verzorging in de inrichtingen van het Ministerie van Justitie (CIO-J);
  • voor de geestelijke verzorging binnen de krijgsmacht (CIO-M);
  • voor de geestelijke verzorging in de gezondheidszorg (CIO-G);
  • voor alle regelgeving die betrekking heeft op hetgeen gebeurt in of met de kerkelijke gebouwen (CIO-K);
  • voor het godsdienstonderwijs op de openbare basisscholen (CIO-O).

Het Moderamen van het CIO is vergelijkbaar met een dagelijks bestuur. Het Moderamen vergadert 6 keer per jaar. Tijdens de vergaderingen worden de voorzitters van de Commissies per toerbeurt uitgenodigd om toe te lichten waar zij zich mee bezighouden.

De Plenaire Vergadering is samengesteld uit vertegenwoordigers van de leden. De Plenaire Vergadering komt 4 keer per jaar bijeen.

Naast de Moderamenvergaderingen en de Plenaire Vergadering worden er Expertmeetings georganiseerd. In 2018 zijn er expertmeetings geweest over de ANBI en de implementatie van de AVG.

Jaarlijks wordt er een Kloosterkerkgesprek gehouden. Aan dit gesprek nemen bewindslieden uit Eerste en Tweede Kamer deel.

Onafhankelijk voorzitter van het CIO is drs. Jaap Smit. Secretaris is mr. drs. Daniëlle Woestenberg MA MA.