Het CIO is namens de gezamenlijke kerken betrokken bij de organisatie van godsdienstonderwijs op openbare scholen (GVO – godsdienstig vormingsonderwijs) vanuit de kerken en werkt daarbij samen met vertegenwoordigers van andere godsdiensten en het Humanistisch Verbond.
Ouders kunnen in Nederland kiezen voor een bijzondere school die past bij hun geloof of levensovertuiging, of voor de openbare school. Al sinds 1857 hebben zij in dat geval wettelijk (artikel 50 en 51 WPO) het recht om de openbare basisschool te vragen om godsdienstonderwijs (GVO) of humanistisch vormingsonderwijs (HVO) voor hun kinderen. De lessen worden gegeven door docenten die verbonden zijn aan kerken, moskeeën of humanistische organisaties. De ouders kunnen daarbij kiezen voor de godsdienstige of levensbeschouwelijke richting van hun voorkeur. Meestal gaat het om een of twee uur per week. De lessen zijn alleen bedoeld voor de leerlingen die zich hiervoor opgeven.